Die bislang bekannte erste schriftliche Erwähnung stammt von 1454, als anlässlich der Verheiratung einer Tochter Hermanns van Hundem gt. Pepersack deren Brautschatz festgelegt wurde. Dazu gehört auch der „lutken unberg (?), den dey Heyschoten ... empfangen hat“.

Im 18. Jahrhundert war Heidschott zeitweise Wohnort des fürstenbergischen Jägers, dessen Jagdbezirk von Kirchhundem bis Welschen Ennest und vom Olpebach bis zum Krie-gerweg über den Stüvelhagen reichte. Der Bezirk wurde nach dem Wohnsitz des Jägers als Heidschotter Jagd bezeichnet.

Eine 1716 als Oratorium (Bethaus) bezeichnete Kapelle, die 1743 auch als Gebäude in der Heidschotter Jagdkarte eingetragen wurde, existiert seit dem 19. Jahrhundert nicht mehr.

Die Gebäude des 1729 bereits erwähnten Heidschotter Hammers, der im Bereich der Einmündung des Silberger Baches in den Olpebach lag, wurden zugunsten der 1861 er-öffneten Ruhr-Sieg-Eisenbahn teilweise abgebrochen. Der Betrieb war bereits in den 1850er Jahren eingestellt worden. Nach dem Bahnbau konnte sich hier ein neues Werk nicht mehr etablieren.

Die Ortschaft Heidschott gehörte von 1843/44 bis 1969 zur Gemeinde Kirchhundem im Amt Kirchhundem und von da an zur heutigen Gemeinde Kirchhundem.

Kirchlich gehörte der Ort bis zur Gründung der Pfarrvikarie Hofolpe (1910/1923) zur Pfarrgemeinde Kirchhundem.

Zum 31.12.2020 hat Heidschott 21 Einwohner.